How Perl Saved the Human Genome Project

[Jones, Chris]

Its an old article - but interesting. But one bit I really don't like is Lincoln's comment;

"Because Perl is quick and dirty….."

That's just silly.


Chris




On 1 Sep 2012, at 17:24, Daniel Mantovani wrote:

I just read it right now.

http://genetics.stanford.edu/gene211/handouts/How_Perl_HGP.html

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"A Jedi uses the Force for knowledge and defense, never for attack." - Yoda

Software Engineer
Just Another Perl Hacker
Daniel Mantovani +5511 8538-9897
XOXO

Begin forwarded message:

From: Walter Lamagna <wlamagna at gmail.com>
Subject: [CaFe-pm] Como perl salvó el proyecto de genoma humano
Date: September 1, 2012 12:19:17 PM GMT-03:00
To: Perl Mongers de Capital Federal <cafe-pm at pm.org>
Reply-To: Perl Mongers de Capital Federal <cafe-pm at pm.org>

Hace dos años hice un trabajo práctico donde uno buscaba similitud genética entre diferentes cepas de tuberculosis y utilicé perl.  Los demás en el curso usaron python y otros lenguajes.  En la similitud recuerdo que tenias que buscar diferentes secuencias de diferentes maneras, y perl me dió una ventaja frente a los demás por que de unos miles de genes, con perl encontré unas 4 o 5 similitudes que otros no encontraban, de hecho podías encontrar todas las similitudes (problema np completo). No se por que los demas no tenian tanta certeza, en ese tp tuvimos un 10.

Ahora publicaron esta nota sobre como perl salvó el proyecto del genoma humano, y tiene sentido, perl tiene fortalezas únicas frente a otros lenguajes.

http://genetics.stanford.edu/gene211/handouts/How_Perl_HGP.html

Saludos

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Walter
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